A HBM Közlekedési Felügyelet KVO 2002. június 28-ai határozatának főbb megállapításai:

• Meglévő csonkavágányok: 1+16,53 szelvényben balra – a magtár vasút felőli oldalán biztosítja az átrakást a MÁV ZRt. által üzemeltetett 108-as számú országos közforgalmú vasútvonal rakodóvágányával.
• Az 1+22,00 a IV. vágány, majd a 8-as számú kitérővel a III. vágány a mozdony és a kocsik tárolására szolgál .
• A 6-os és 1-es számú kitérők között a II. vágány megépíthető – ez biztosítja a mozdony körüljárását.
• A 6+17,50 szelvényben balra ágazik ki a 20-as és 21-es számú tavak közötti töltésen futó rakodóvágány, hossza 107 m.
• A 37+65 szelvényben jobbos kitérővel kétvágányú végállomás épül. A végállomás másik kitérője a 39+10 szelvényben épül.
• A vágány a 39+60 szelvényben végződik földkúppal.
• Megszűnik a 10+62 szelvényben a 80 m hosszú bal oldali kiágazás.
• A 18+25,87 szelvényben a jobb irányú, provizórikus hídon vezet át a 800 m hosszú vágány.
• Az indító állomási és a feltöltő csatorna előtti és utáni ívek sugara 40 m kell legyen.
• A 36+77,4 hm szelvényben fekvő, 4×6,00 m nyílású, felső pályás acélhíd-provizórium 10 km/h sebességgel és 50 kN tengelyterheléssel alkalmas a forgalom lebonyolítására. Az acélelemeket újra kell mázolni, a híd mindkét oldalán fakorlátot kell építeni és a járópallókat szükség szerint cserélni kell.
• A kétoldali, 3%-os oldaleséssel kialakított földművön, 15 cm vastag homokos kavics és 30 cm vastag zúzottkő ágyazat és 14 kg/fm sín, vasbeton alj, 70 cm aljtávolsággal, nyílt lemezzel épül.
• Kitérők 14-II és 34-I típusúak, új talpfákra kell lekötni.
• Útátjáró és peronok burkolata 15 cm homokos kavics és 15 cm beton. Peronok magassága sk +15. Ez csak a Pro Natura állomásnál (10. ábra) valósult meg.

Az iratok alapján jól érzékelhetően többéves csúszásokkal valósultak meg a tervezett felújítások. A 2004. júliusi kérelemben építési engedély hosszabbítását kéri a beruházó HNPI, egyrészt a lehetséges lóvontatáshoz szükséges ágyazatátalakítás, másrészt az előírt R=40 m-es ívek 30 m-re csökkentése érdekében. A hatósági jóváhagyást megkapták. Ekkor készült el a III. fokú hídvizsgálat, amely az acélszerkezet javítását, teljes aljcserét és a járófelület pallózását írta elő.
2005 nyarán a Közlekedési Főfelügyelet kiadta a C50 típusú mozdony üzemengedélyét. Ezzel egy időben típusengedélyt kapott a MÁV Hajdú Vasútépítő Kft. által gyártott, három, 10-10 személy szállítására alkalmas vasúti személykocsi (11. ábra).
Harcsa és Kócsag néven két megállóhelyet is kialakítottak a 10/11 és a 19/20 szelvények között.

A ténylegesen elvégzett pályafelújítások készre jelentése 2005 júniusában történt. A kivitelezést a MÁV Hajdú Kft. végezte. Az érdekeltek előzetes bejárást tartottak augusztus 15-én, majd a HBM Közlekedési Hatóság KVO meghívására egy hónappal később megtartották a forgalomba helyezési eljárást. A két hónapos próbaüzemnek is köszönhetően a hatóság 2005 novemberében forgalomba helyezte az átépített vonalat és engedélyezte a 8-as számú gépháznál kiágazó, új körüljáró vágány, egyben végállomás használatát.
A hatóság által előírt feltételeket a HNPI teljesítette és az üzemeltetésre felkért ZSEV NKft. a helyi szabályzatokat és utasításokat elkészítette, így a következő év szeptemberében a tulajdonos kérte a személyszállítási engedély megadását. A területileg illetékes közlekedési hatóság 2006. november 7-én megadta az engedélyt a személyforgalomra az alábbi feltételekkel:

• „Fővágányokon 10 km/h, kiágazó vágányokon és hidakon 5 km/h sebesség.
• A tengelyterhelés 50 kN.
• Dízelüzem, nappali látásviszonyok mellett.
• C50 típusú vontatójárművel és a B.1, B.2 és B.3 pályaszámú személyszállító kocsikkal.
• Üzemvitel az „Erdei vasutak jelzési, forgalmi és gépészeti utasítása”, valamint a belső szabályzatok alapján.
• Menetrend szerinti forgalom április 15-től október 31-ig. A forgalom felvétele előtt 15 nappal helyszíni bejárást kell tartani.
• A menetrendi időszakon kívüli vagy éjszakai menetek önálló forgalomba helyezésnek minősülnek.”
• A 2007 májusában tartott bejáráson élőszóban, majd a júniusban ügyiratban írásban is kiadta az üzemengedélyt, egészen a következő év menetrendi időszakáig.

Ebben az időben merült fel a nyomvonal bővítése, amely a Kondás-tó részbeni körbejárását szolgálta volna. A környezetvédelmi hatástanulmány hiánya miatt végül az eljárást meg kellett szüntetni.
Ezzel együtt is az Észak-alföldi Operatív Program 2008-as pályázatán 500 M Ft-ot nyertek „Daruvonulás Hortobágyon – a Hortobágy-halastavi kisvasút továbbfejlesztése és új ökoturisztikai attrakciók létrehozása” címmel. A pályázati keretösszeg lehetővé tette a meglévő pálya felújítását és a nyomvonal meghosszabbítását, valamint a végállomás környékének turisztikai látnivalókkal (12. ábra) való kiépítését.

2009 márciusában újabb tervrajzok és műszaki leírás készült a korábban elmaradt felújításokhoz, illetve a nyomvonalbővítéshez.
A tervek szerint „a meglévő részen a 14 kg/fm r. felépítményt (6-9 m h, 100 éves sínek) »C« r. vb aljasra kell cserélni. Ahol lehet ívkorrekció szükséges az Rmin=50 m érdekében. A javaslat szerint a végpontnál, a 37+70,31 és a 39+10 sz. közé mozdonyfordító vágány épül, »C« r. felépítménnyel, 34-I. t. kitérők (B/2 és B/1) beépítésével. A felújítandó szakaszon két új megállóhely épül peronnal.”
A hatóság által jóváhagyott felújítási tervből: „Az 1+65-37+65 sz-ek közötti átépítés »C« felépítményre, kisvasúti vb aljra és talpfára, aljtávolság 71 cm, nyíltlemezes leerősítéssel, 30 cm vastag zúzottkő ágyazattal történt. A megengedett legnagyobb sebesség 10 km/h, a tengelyterhelés 55 kN.”
2009/2010 telén lehetetlen volt a kivitelezés a téli időjárás miatt, még március elején is fagyott. Így a kora tavaszra tervezett menetek is meghiúsultak. Tovább rontotta a helyzetet, hogy a gyártótól érkezett vasbeton aljak egy része beépítésre alkalmatlan volt.