Az új vonalak építése mellett a Magyar Királyi Államvasutak az 1880-as évek végén megkezdte a kezelésébe került állomások korszerűsítését is, a 25-30 éves utasforgalmi épületek átépítését, illetve újakra cserélését. Rochlitz Gyula halála után a társaság magasépítési részlegének épülettervezési tevékenységét Pfaff Ferenc (1851–1913) építész, műegyetemi tanár a MÁV főépítészeként irányította. Pfaff és munkatársai többnyire eklektikus stílusban tervezett indóházai a magyar vasúti építészet legkiválóbb alkotásai közé tartoznak. Épületeik a vasúttársaság építészeti arculatát mai napig meghatározó objektumok, a trianoni országhatáron kívüli területeken pedig a korabeli magyar vasúti építészet kiválóságának hírnökei (4. ábra).
A magyar vasúti építészetnek ezt a – Paff-korszaknak is nevezhető – közel 30 évig tartó szakaszát a Magyar Királyi Államvasutak nagyvárosi vasútállomásait kiszolgáló indóházak átépítése jellemezte elsősorban. Az akkor létrehozott jellegzetes épületek a mai napig nagy hatással vannak a vasúttársaság arculatára. A nagyállomások egyedi tervezésű utasforgalmi létesítményeinek sajátosan vasúti jellegét funkcionális megoldásuk és hasonló látványt nyújtó tömegalakításuk biztosítja. Az építészeti minőség és az egységes arculat kialakítása szempontjából ugyanakkor nem elhanyagolható a felvételi épületek belső térszerkezetének kialakítása és belsőépítészeti megoldása sem.

Az eklektika hatása a szimmetrikus és arányos tömegképzésen túl tetten érhető a felületképzés és a nyíláskiosztás módjában, a rusztikus lábazatok, a hangsúlyos rizolitos homlokzattagolások, a faragott kő- vagy homoktégla burkolatok, a stukkók, a vakolt épületdíszek alkalmazása terén egyaránt. A Pfaff-épületek tömegalakításának a homlokzati megjelenés és a funkció szempontjából is legfontosabb eleme az épület középső tengelyébe helyezett nagy belmagasságú utascsarnok. Ezt a központi épülettömböt a pályaudvarokon a település felőli oldalon saroktornyok (Pécs, Szeged, Miskolc-Tiszai stb.), a bejárat feletti szinten megjelenő oszlopsoron nyugvó timpanon (Fiume, Zágráb), az épülettömb sarkainak kváderes vakolatképzése és a bejárati ajtók fölötti ablakok kialakítása (Cegléd, Kaposvár, Miskolc-Gömöri) teszi még hangsúlyosabbá (5. ábra). Ehhez a sátortetővel fedett középső épülettömbhöz kétoldalt hasonló felületképzésű kisebb, nyeregtetős épületrészek csatlakoznak, melyeket ezeknél magasabb, sátortetős saroktömbök zárnak le. A szimmetria, valamint a vágányokkal párhuzamos épületszárnyak eltérő hosszúsága, a párkány- és gerincmagasságok ezzel arányos megválasztása, azaz az épülettömbök horizontális és vertikális ritmikussága nagyban hozzájárul ezeknek az egyedi tervezésű épületeknek a hasonló látványához, a vasúti építészet arculatformáló szerepének erősítéséhez.

Pfaff és munkatársai a homlokzati falfelületek anyagának megválasztásával és díszítőelemek alkalmazásával illesztették az épületet a település építészeti architek­túrájához, miközben az előzőekben vázolt sajátosságok biztosították az épület vasúti jellegének és arculatának megtartását. Nagyrészt vakolt falfelülettel készült Fiume, Zágráb, Pozsony, Nyíregyháza, Kaposvár, Füzesabony, Nagyvárad, Nagykároly és Tövis állomások indóháza. Vörös téglaburkolat és fehér mészkődíszek díszítették Cegléd, Szolnok, Debrecen, Csap, Kolozsvár, Károlyváros, Szatmárnémeti és Lipótvár felvételi épületeit. Sárga homokkő téglaburkolattal, kő- és fémdíszekkel készült Arad, Szeged, Pécs, Miskolc-Gömöri, Temesvár és Versec utasforgalmi épülete.
A Magyar Királyi Államvasutak Pfaff Ferenc irányította magasépítési szervezete ebben az időszakban kihasználta az eklektikus építészet adta lehetőségeket. A szabad forma- és anyagválasztás, valamint a kötöttségektől mentes épületdíszítés előnyeinek professzionális alkalmazásával sokszínű, de mégis egységes arculati megjelenést biztosító, sajátos indóházakat alkottak a magyar viszonyok között nagy forgalmúnak számító állomások forgalmának lebonyolítására.
Ennek a korszaknak az építészeti tevékenysége azonban nem korlátozódott a nagyállomások utasforgalmi épületeinek átépítésére, illetve újak létesítésére. Néhány közepes és kisebb forgalmú állomáson is szükség volt a meglévő épület átépítésére, illetve a régi helyett új építésére, ahogy a többi között ez Kisújszálláson is történt. Terveik alapján ugyanakkor az új vasútvonalak állomásain is épültek utasforgalmi létesítmények, mint például az 1884-ben megnyitott Tata, Felsőgalla, Bicske állomásokon.
1880 és 1920 között a nagyvárosok indóházainak átépítését az akkor már a magyarországi vonalhálózat döntő részét birtokló és üzemeltető Magyar Királyi Államvasutak végezte. Kivétel volt Szombathely állomás, amely ebben az időszakban még a Déli Vasút tulajdonában volt. A vasúttársaság itt a századfordulón épített új utasforgalmi épületet, melynek tervezésére az Andráskay Müller és Fiai építési vállalkozás kapott megbízást. Az épület terveit az iroda munkatársa, Posel Gusztáv (1861–1919) építész készítette. Posel – a kor középület-építési divatjának megfelelően – historizáló stílusú indóházat tervezett, amelyet 1901. október 24-én nyitottak meg az utazóközönség előtt. A létesítmény legmagasabb középső épülettömbje itt is saroktornyokkal szegélyezett, közte a félköríves záródású nagy bejárati portállal. Ehhez a tömbhöz kétoldalt tizenegy ablaktengelyes földszintes szárnyak, majd egyemeletes sarokpavilonok kapcsolódnak. Az épületegyüttest kétoldalt lezáró épülettömbök kétszintes és három ablaktengelyes kialakításúak. Az egész kompozíciót az eklektikus, historizáló építészeti stílusban épült létesítmények kedvelt díszítőeleme, a mellvédes kőpárkány foglalja egységes keretbe. Meg kell jegyezni, hogy Sopron, Nagykanizsa, Vasvár, Zalaegerszeg állomások indóházainak építésére is Andráskay Müller és Fiai kaptak megbízást, s Posel Gusztáv ezeknek az épületeknek a tervezésében is részt vett.
Összességében megállapítható, hogy az 1880 és 1920 közötti időszak a magyar vasúti építészet egyik legtermékenyebb korszaka. Az ezekben az években eklektikus és historizáló stílusban épült nagyvárosi indóházak a vasúti építészeti örökség legértékesebb létesítményei közé tartoznak, és többségükben műemléki védelem alatt állnak. A MÁV építészei által kidolgozott fő- és mellékvonali szabványtervek, valamint a HÉV-épületek típustervei az épülettipizálás legkiválóbb termékei közé sorolhatók.