A sűrű vonatkövetés miatt szintbeni közúti, gyalogos- vagy kerékpáros-keresz­te­zés nem üzemelhet a szakaszon. A megállók felújítása is fontos feladat, Rákosrendező állomáson a cél a Szegedi úton tervezett villamos- és közúti felüljáróval való kapcsolat kialakítása, hogy át lehessen szállni a 3-as villamosra. A peronok északi végéről Rákosrendező jelenleg kihasználatlan, de városfejlesztési célokra hasznosítható területe elérhető. Istvántelek megállóhely a jelenlegi helyén megszűnik, a megállóhely az Elem utca–Szerencs utca tengelybe kerül át. A vonalszakaszon a távlatban egy új megállóhely létesítése is tervezett a Marcheggi híd térségében, ez egy új átszállópont lenne a 2-es és a 70-es vasútvonalak között.

Nyugati–Kőbánya-Kispest

Távlatban a 100a vasútvonal belső szakaszán is megnő a vonatforgalom a repülőtéri vasút megépítésével, a lajosmizsei vonal részleges kétvágányúsításával, valamint az egri és miskolci távolsági vonatok Nyugati pályaudvarra vezetésével (a királyvágányon át). A szakasz négyvágányúsítására van szükség. A vonalszakaszon két új megálló létesítése is tervben van; az egyik a Városliget térségében az M1-es metró Mexikói úti végállomásánál, a másik pedig a Kerepesi útnál az M2-es metró vonalán, a Hungexpo közelében (Törökőr). A vonalszakaszon jelenleg egy szintbeni közúti átjáró található a Kőér utcánál, ennek külön szintű átépítése elkerülhetetlen, a Liszt Ferenc nemzetközi repülőtér közúti megközelítésének javítását célzó projektben tervezett a megvalósítása. Kőbánya-Kispest állomás átépítése is igen komplex feladat, hiszen a reptéri vasút belépését követően Kelenföldhöz hasonló városkapu szerepe lesz az állomásnak: három vasútvonal érkezik be, ezekről két irányba mennek tovább a vonatok. Az állomás átépítése építészetileg is komoly kihívás, kapcsolódni kell az M3-as metró végállomásához és a KöKi Terminálhoz (4. ábra).

Külső Körvasút

A Külső Körvasúton 2020 óta van ismét rendszeres személyforgalom, miután megépült Újpalota megállóhely. A BAVS szerint további három megállóhely létesítése tervezett a Külső Körvasút mentén: Pestújhely, Rákosszentmihály (új peronok a Fogarasi úti felüljárónál) és a gödöllői HÉV keresztezésében a Kerepesi útnál. Ezen új megállóhelyeknek köszönhetően egy versenyképes, új belvárosi kötöttpályás kapcsolat jön létre a külső pesti térséggel. A Külső Körvasútról a tervek szerinti vonatok nemcsak az esztergomi vonal felé, hanem a Nyugati pályaudvarra, a Déli Körvasútra és a keleti agglomeráció felé is közlekednek.

Vonali fejlesztések

A BAVS valamennyi budapesti vasút- és HÉV-vonal fejlesztésére tartalmaz terveket. Ezek közül néhány már meg is történt, illetve folyamatban van. A nagyvasúti vonalak működése között – a fejlesztés előtt és után egyaránt – markáns különbség figyelhető meg. A vegyes használatú fővonalakon (1, 30a, 40a, 70, 80a, 100a, 120a) elővárosi, belföldi távolsági, nemzetközi és teherforgalom osztozik (bár különböző megoszlásban). Ezek a BAVS előtt is már kétvágányú, villamosított pályák voltak, ám az inhomogén forgalom telíti is a kapacitásokat, az elővárosi járatsűrűség növeléséhez kapacitásbővítésre van szükség. Az 1-es, 70-es, 80a vonalaknál a belső szakaszon újabb vágányok fektetését javasolja a stratégia. A szolnoki vonalak (100a és 120a) esetében az új kapacitás Monor és Kőbánya-Kispest között az új repülőtéri vonallal jönne létre, a vonatok sebesség szerinti szétválasztása pedig homogénebbé teszi a forgalmat, így tovább növeli a kapacitást. Az új, repülőtéri vonalra kerülnének a 100a-ról a távolsági és zónázó járatok, sőt a 120a távolsági járatai is, a két régi vonalon így egyrészt több hely marad a hasonló átlagsebességű személyvonatoknak és a tehervonatoknak, másrészt ezek kevésbé tartják is föl egymást, így még több fér el belőlük. A két érdi (30a és 40a) vonal esetében részben hasonló sebesség szerinti szétválasztás tervezett, plusz a 30-as vonal távolsági járatai a már említett nyugati NSV-re kerülnének, ezzel szabadítva fel kapacitást a 30a-n.
A homogén vagy szinte homogén üzemű elővárosi vonalaknál (2, 71, 142) a kellő sűrítéshez az eredetileg egyvágányú vonalak részleges kétvágányúsítására van szükség. Ez az esztergomi vonal esetén már megvalósult, a másik két vonalnál tervezési fázisban tartanak a projektek. Természetesen az egyetlen dízelüzemű vonal, a 142-es esetében a fejlesztés része a villamosítás is. A 150-es vonal átmenetet képez az említett két kategória között, bár vegyes forgalmú fővonal, de mivel Magyarországon belül nem érint nagyobb városokat, távolsági forgalma kisebb. Az eredetileg jórészt egyvágányú vonal esetében a kínai–magyar együttműködésben a Belgrád–Budapest fejlesztés részeként folyó projektben a kétvágányúsítás éri el a szükséges kapacitást.

Elővárosi járatok

A Duna-alagút fejlesztése nem áll meg a törzsszakasznál. Az alagút megvalósíthatósági tanulmányának készítése során teljes körű, az országos menetrendi koncepcióval összhangban lévő menetrendi struktúrát dolgoztak ki, amely figyelembe veszi a törzshálózati fejlesztéseken kívül az egyéb tervezett fejlesztési elemeket is. A hosszú távú modell feltételezései között ennek megfelelően szerepel a Kőbánya-Kispestet és Monort új nyomvonalon összekötő repülőtéri vasút létesítése, a Budapest–Hatvan-vonal fejlesztéséből kimaradt, Kőbánya felső és Rákos állomásokat érintő kapacitásbővítés, valamint a Kelenföld és Törökbálint között szintén előkészítés alatt lévő négyvágányos kiépítés. A menetrendi modell emellett átvette a nyugati NSV menetrendi koncepcióját, és ahhoz igazodva készítette el a dunántúli távolsági vonatok menetrendi modelljét. A végül kialakult menetrend percre pontos hálózatot és konkrét viszonylatokat alakított ki a teljes Budapest környéki agglomeráció számára, ügyelve a közös szakaszokon a vonatközlekedés egyenletességére, a tervezett infrastruktúrán a vonatok tényleges leközlekedtethetőségére és a forgalom zavarérzékenységi tényezőire is (robusztusság).
A végleges tanulmánymenetrend a győri (1. számú) fővonalon a személyszállító vonatok között csak elővárosi vonatokkal számol, hiszen a távolsági vonatok teljes egészében a nagy sebességű vasúton fognak közlekedni. Az így felszabaduló pályakapacitás lehetővé teszi, hogy Győr felől félórás ütemű zónázó vonati struktúra jöjjön létre. A zónahatár Tatabányán lenne, innen Kelenföldig a vonatok csak Alsógallán és Bicskén állnának meg. A zónázó vonatok az alagúton áthaladva Szob felé közlekednének tovább, így ezek a járatok lennének talán a legnagyobb forgalmú elővárosi járatok, bár a vonatok útvonala 200 km távolságot fedne le. Az 1-es vonal személyvonati kategóriájában az oroszlányi járat szintén félóránként közlekedne, és az alagúton át a lajosmizsei vonal zónázó vonatát képezné, a fejlesztések megvalósítását követően egészen Kecskemétig közlekedve. Az új dimenziókat nyitó, Biatorbágytól a Déli Körvasúton át, majd Kőbánya felsőn és a pesti Külső Körvasúton keresztül Óbudáig közlekedő vonat a győri fővonal belső szakaszának 15 perces közös követését is szolgálná.