Az Érdet érintő 30a és 40a vonalakon a következőképpen alakulna a forgalom. A székesfehérvári vonal távolsági vonatainak zöme szintén a nagy sebességű pályán közlekedne. A Velencei-tavat érintő mai nyomvonalon az észak-balatoni vonal távolsági vonatai és a 20-as vonal veszprémi sűrítő vonatai, valamint a szezonális sűrítők maradnának. A Z30-as zónázó a vasúti alagúton át a ferihegyi (Liszt Ferenc) repülőteret érintve Ceglédig és Szolnokig közlekedne, ezzel a Győr–Szob viszonylat mellett a másik markáns hálózati elemet adva. A vonalon a zónázók mellett hat pár személyvonat kapna helyett. Ebből két pár Székesfehérvár–Nyugati pályaudvar–Őrbottyán (Érd felsőn át), két pár Martonvásár–Déli Körvasút–Vecsés–Monor és két pár Martonvásár–Déli Körvasút–Kőbánya felső–Pécel járat, utóbbiak Érd alsó felé közlekedve. A pusztaszabolcsi fővonalon felváltva óránként járna a dunaújvárosi és a sárbogárdi–dombóvári zónázó, ezek északon Dunakeszi-Gyár­telepig látnák el a 70-es vonal sűrítését. Ercsitől és Százhalombattától közlekednének a vonal személyvonatai, amelyek Érd felsőtől a 30a vonalról érkező két vonattal együtt fix 10 perces követést biztosítanának. Ezek a vonatok részint az alagúton át Gyálig, részint a Déli Körvasúton át a Liszt Ferenc repülőtérig szolgáltatnának. A hat-hat személyvonat leközlekedtetése egy elvi lehetőség, a kínálat biztosítására valószínűleg nem lenne igény a teljes napi forgalomban.
A pesti oldalon a vonatok egy része változatlanul a Nyugati felszíni állomásról indulna. A váci fővonal (70.) már említett győri zónázó járatán és a dunakeszi betétjáraton kívül változatlan formában terveztek a klasszikus, ma S70-es számon futó Nyugati–Vác járattal is. A veresegyházi vonal (71.) kiszolgálása azonban gyökeresen eltérne a maitól. A Székesfehérvár–Őrbottyán-vonalon kívül Albertfalváról indulna a vonal másik gyorsított vonata, utóbbi egészen Vácig közlekedne. A belső szakasz kis forgalmú megállóinak ellátására a Nyugati és Veresegyház között biztosítva van egy személyvonat közlekedése is, de a vonal pontos megállási rendje még a későbbiekben tisztázandó.
A ceglédi (100a) és a lajosmizsei (142.) vonal Déli Körvasúton és a vasúti alagúton közlekedő járatai mellett a belső agglomeráció 15 perces alapütemének biztosítása érdekében a továbbiakban is maradna a Nyugati pályaudvar felszín–Monor, illetve Ócsa viszonylatú vonat.
Az esztergomi vonal (2.) vonatainak egy része – akárcsak a 150-es vonal elővárosi forgalma – távlatban a megépülő M5-ös metró alagútján át jutna be a belvárosba, ugyanakkor a nagyvasúti tervezés továbbra is számol a Nyugati–Esztergom zónázó vonatokkal. Emellett a Nyugati felszínéről óránként még két pár vonat indulna, ezek az elképzelések szerint újdonságot nyújtanak: Rákosrendezőtől a külső körvasúti megállóhelyeket kiszolgálva a 120a belső szakaszát látnák el Sülysáp végállomással.
A hatvani (80.) és az újszászi (120a) vonalon a fő struktúra a Keleti pályaudvari indulással nem változna meg. Mindkét vonal kapna ugyanakkor új kapcsolatokat, hiszen a hatvani vonalról a Déli Körvasút, míg az újszászi vonalról a Külső Körvasút felé menne vonat.

Távolsági forgalom

A távolsági szegmensben a program fő célja az volt, hogy a vonatokat a Nyugati pályaudvarra mint főpályaudvarra összpontosítsa. Ha a fejlesztések megvalósulnak, akkor Salgótarjánt kivéve az összes megyeszékhelyről elérhetővé válna a Nyugati pályaudvar vonattal, átszállás nélkül. Ezzel a Nyugati az országos közlekedés gyújtópontjává is válik, mivel a Budapesten átutazók számára megszünteti a fejpályaudvarok közötti városi közlekedés kényszerét. A Keleti pályaudvaron végeredményben csak a székesfehérvári vonalról érkező kevés megmaradó távolsági vonat, valamint a Nyugati pályaudvarra kapcsolattal nem rendelkező 150-es vonal távolsági vonatai maradnak meg.
A Nyugatiba befutó távolsági vonatok közül több átlós járattá válik, összekötve az ország keleti és nyugati felét. Azok a dunántúli járatok, amelyek a menetrendi kötöttségek miatt nem találnak maguknak párt, az alagút felől érkezve részint a repülőtérnél létesülő új távolsági előkészítő pályaudvaron fordulhatnak, részint a Nyugatiból szerelvényvonatként Rákosrendezőig, illetve a mai állapothoz képest jelentősen fejlesztett istvántelki karbantartó és tárolóbázisig közlekedhetnek.

HÉV-ek

A hálózatot nem alkotó HÉV-vonalakon bonyolódik le a fővárosi elővárosi vasúti utazások mintegy fele, annak ellenére, hogy a HÉV-vonalak egy része nem éri el a forgalmas belvárosi csomópontokat, a metrót. A HÉV-eket általánosságban leromlott műszaki állapotok és koros járműpark jellemzi, azonban a hálózati kapcsolatok javítása érdekében a helyben történő felújításon és járműcserén kívül fejlesztések is szükségesek.

Észak–déli HÉV-ek

A két legforgalmasabb HÉV-vonal a szentendrei (H5) és a csepeli (H7). Az észak–déli HÉV-vonalak fejlesztése két ütemben tervezett, az első ütemben a H5, H6 (ráckevei) és H7 vonalak korszerűsítése, valamint a járműcsere is megtörténik, míg a második ütemben kiépül az átmenő rendszerű M5-ös metró ezen vonalak belváros alatti összekötésével.

A H5, H6, H7 újjáépítése

Első ütemben a három HÉV-vonal korszerűsítésén túl megvalósul a H6 és H7 vonalak bevezetése a Kálvin térig, így a dél-pesti agglomeráció is közvetlen belvárosi és metrókapcsolatot kap. Cél továbbá a 2-es vasútvonal bekötése a H5 vonalba Aquincumnál, valamint a 150-es vasútvonal bekötése a H6 vonalba Pesterzsébetnél. A 2-es és 150-es vasútvonalak felől érkező elővárosi vonatok így közvetlenebbül érik el a forgalmas belvárosi célpontokat. Ennek megvalósításához kétáram-nemű járműveket is be kell szerezni, valamint a központi forgalomirányítást is fejleszteni kell.

M5-ös metró

Az M5-ös metró koncepciója egy új, észak–dél irányú gyorsvasúti tengely létrehozását jelenti a H5 és a H6/H7 HÉV-vonalak belváros alatti összekötésével. Az így létrejött M5-ös metró a H6/H7 HÉV-vonalak első ütemben megépült belvárosi bevezetésétől, a Kálvin tértől folytatódna a Nyugati pályaudvart érintve Kaszásdűlőig, ahol a meglévő H5 HÉV-vonalba csatlakozna be. Kaszásdűlő–Batthyány tér között megmaradna a kiszolgálás, azonban a kétáram-nemű járművek az új nyomvonalon közlekednének Piliscsaba irányából Kunszentmiklós-Tassig (5. ábra).

 
A gödöllői és csömöri HÉV-ek metróvá fejlesztése

Az M2-es metró és a H8/H9 HÉV-vonalak összekötése nem új keletű gondolat, az átszállásmentes gyorsvasúti tengely a mainál jobb kiszolgálást nyújthat majd az északkeleti várostérség lakóinak. A belső szakaszon egy új megállóhely létesítése a cél a 100a vasútvonalnál, míg a külső szakaszon a megállóhelyek optimalizálása szükséges a jobb kiszolgálás érdekében. Távlatban tervezett a rákoskeresztúri szárny­vonal kiépítése is a XVII. kerület kötöttpályás kiszolgálásának javítására. Új járművek beszerzése is tervezett, mert a metró és a HÉV közötti átjáráshoz kétáram-nemű motorvonatok szükségesek.