A Déli Vasút a mai pécsi igazgatóság területén a Nagykanizsa–Murakeresztúr–­Csáktornya, a Sopron–Nagykanizsa, a Barcs–Murakeresztúr és a Budapest–Nagykanizsa vasútvonalakat építette meg, Nagykanizsa és Murakeresztúr állomásokkal együtt. Utóbbi vasútvonalon 1861. március 22-én haladt át az első teherszállítmány 50 ezer mérő – mai mértékegységgel 356 t – gabonával [2].
1869-ben megalapították a Magyar Királyi Államvasutat, mely megszervezte a déli vonalak vezetését, és 1870 áprilisában külön forgalmi főnökséget, majd Üzletvezetőséget hoztak létre Zágráb székhellyel. Az államosítások során egyre több vasútvonal tartozott a területhez, többek között a Bátaszék–Dombóvár–Gyékényes vasútvonal is. A magyar főváros és a tengeri kapcsolat közvetlen összeköttetését a Kelenföld–Baranya-Szentlőrinc között 1882-ben átadott és 1889-ben államosított vasútvonal biztosította [3].
1883 és 1910 között mintegy húsz helyiérdekű vasútvonalat építettek ki, ami 1114 új vkm-t jelentett. Ezek nagy része MÁV üzletkezeléshez tartozott, azonban a vasútvonalakat csak 1931-től államosították. Ezek közül a ma is üzemelő vagy el nem bontott vasútvonalak a következők: Rétszilas–Szekszárd (1883); Balatonszentgyörgy–Somogyszob(–Nagyatád) (1893); Keszőhidegkút-Gyönk–Tamási (1893); Kaposvár–Felsőmocsolád (1894); Szentlőrinc–Sellye (1895); Kaposvár–Fonyód (1896); Komló–Godisa (1897); Székesfehérvár–Sárbogárd (1897); Szekszárd–Bátaszék (1897); Felsőmocsolád–Siófok (1906); Siklós–Középrigóc (1912); Pécs–Bátaszék (1911).
A MÁV Zágrábi Üzletvezetőség területén megszervezéskor 103 km vasút működött, amely a további helyiérdekű vasutak kiépítésével 1912-re 1852 km-re bővült.
A Magyar Királyi Államvasutak 1913. évi 35. számú Hivatalos Lapja szerint 1913. augusztus 1-jén Lőrinczbányai Littke Jenő (addig Budapest balparti üzletvezető-helyettes) vezetésével felállíttatott a pécsi központú üzletvezetőség. A túlságosan nagyra duzzadt zágrábi üzletvezetőségből kivált hálózatrész pécsi központjához közvetlenül 550 km, az irányítása alá rendelt eszéki forgalmi főnökséghez pedig 840 km vasútvonal tartozott.
A trianoni békeszerződés megkötése után az irányított vonalak nagy része országhatáron kívülre került, ugyanakkor további, addig zágrábi irányítású vonalrészek kerültek a pécsi központhoz. A Déli Vasút 1932-es államosításával, valamint a Szabadbattyán–Murakeresztúr–oh. vonalszakasz 1945-ös átvételével alakult ki nagyjából a mai terület.
A területünk kiemelten fontos vasútvonalaként számontartott, 40. sz. Budapest-Kelenföld–Pécs vasúti fővonal jelenlegi állapotát egy nagyszabású vonalkorszerűsítés előzte meg, amely 1970-ben kezdődött, és 1990-ben fejeződött be. Számos ívkorrekció, három új alagút építése, az alépítmény javítása és a teljes felépítmény cseréje történt ekkor meg. Végül a teljes vasútvonalat villamosították.
A vasútvonal átépítésének legnagyobb kihívást jelentő szakasza az 1971–1973 között új nyomvonalon megépített Godisa–Abaliget szakasz volt. R = 800 m sugarú ívekkel, 120 mm túlemelés alkalmazásával, 120 km/h legnagyobb engedélyezett sebességű vonalszakasz épült ki. A nagyrészt inflexiósan csatlakozó ellenívekkel megépült pályaszakasz szépen simul a tájba, a tervezők munkáját annak idején Állami Díjjal ismerték el. A 12–16 m magas töltések és az ehhez csatlakozó ívkorrekciók megépítésével kiváltották az 1882-ben átadott husztóti völgyhidakat [4].
Az MÁV Pécsi Igazgatóság megnevezése, szervezeti felépítése és hálózati elemei 1949 és 1993 között többször változtak. Új nyomvonalon vasútépítések csak elvétve történtek, összesen alig 40 vkm. Az 1968-as közlekedési koncepció alapján viszont megszűnt számos vasútvonal, több mint 200 vkm hosszban.
Az igazgatóság jelenlegi szervezeti formában 2013. január 1. óta működik.

Az igazgatóság vonalhálózatának szerepe napjainkban

Területünkön három vasúti határátmenet működik, mindhárom Horvátországgal biztosít kapcsolatot. Gyékényes nagy kapacitású vágányhálózattal, korszerű biztosítóberendezéssel, átrakókapacitásokkal rendelkezik. A határátmenet főként Hor­vát­országgal, azon belül Zágrábbal és Ri­jeka, Bakar adriai kikötőkkel biztosít kapcsolatot.
Magyarbóly kisebb kapacitású határ­állomáson az 1997-es újranyitást követően fokozatosan újjáéledt a forgalom. A fő feladata a horvátországi Eszék (Osijek), és azon túl Bosznia-Hercegovina fővárosa, Szarajevó, illetve Bosznia ipari völgye, valamint Ploče adriai kikötő felé a kapcsolat biztosítása. Bár a határt 2015-ben lezárták, és a forgalom ideiglenesen megszűnt, a következő évben újra megindult a tehervonati közlekedés a két ország között. A személyforgalom azóta is szünetel.
Murakeresztúr határátmenet kiválóan felszerelt, nagy átbocsátóképességgel, átrakó-, javítókapacitással, növény- és állategészségügyi szolgálattal rendelkezik, elsősorban Szlovénia és Olaszország felé irányuló vagy onnan érkező áramlatokkal. A hodoši szlovén határátmenet létesülésével a forgalom itt jelentősen visszaesett, az üzemidőket fokozatosan csökkenteni kellett, és manapság csak elvétve fordul elő határon átlépő vonat.
Személyszállításban a budapesti irány a domináns a távolsági forgalomban, de Pécs egyetemi és régióközpont jellege is meghatározó. A régió különlegessége a Balaton, mely nyári szezonban igen sok utast vonz.
A legjelentősebb a Pécs és Budapest közötti utasszám, ezen a vonalon naponta 9/10 pár InterCity vonat közlekedik. Ezt egészítik ki a Dombóvár–Kaposvár felé három pár IC és sebesvonati rendszer, valamint a Sárbogárd–Szekszárd–Baja viszonylatú expressz és interrégiós vonatok.
A hétvégi diákforgalom vonatainkon Budapest–Pécs között, továbbá a Pécs–Nagykanizsa–(Zalaegerszeg)–Szombathely és a Pécs–Kaposvár–Balaton térsége távolsági forgalmakban jelentős.
A keskeny nyomközű balatonfenyvesi vasúton a korábbi három működő vonalrészből csupán egy, a közszolgáltatási feladatokat is ellátó Balatonfenyves–Somogyszentpál szakasz üzemel. Csak személyszállítás történik, forgalma minimá­lis, a nyári időszakban kirándulókkal növekszik.
Az utazóközönség megtartása érdekében a vonatforgalom szüneteltetését igénylő felújítási és karbantartási feladatok közül, amiket csak lehet, éjszaka végeztetjük el. A mellékvonalak esetén, amennyiben elegendő vonatmentes idő áll rendelkezésre, úgy természetesen a vágányzárat nappalra, a kiutalt menetvonalak zavartatása nélkül igényeljük.

Tevékenységünk a menetrendtartás érdekében

Hatékonyság, se­bes­ség­kor­lá­to­zá­sok és me­net­rend­sze­rű­ség alapján vizsgáltuk és elemeztük az elmúlt tíz év műszaki okokra visszavezethető sebességkorlátozásainak mennyiségeit és hosszait is, melyeket a 2. és 3. ábrán mutatunk be. Bár sajnos 2014-ig mellékvonalainkon jelentősen nőtt a lassújelek hossza, azóta figyelemre méltó eredmény az elmúlt két év, hisz ez idő alatt csökkent a lassújelek száma és hossza egyaránt. 2016-ban az elmúlt tíz év legkisebb értékeivel rendelkeztünk.

Ez az eredmény a teljes Pályalétesítményi Osztály alá tartozó operatív irányításban és a végrehajtásban tevékenykedő egységeket egyaránt dicséri. Továbbra is minőségi munkát kell végeznünk a csökkenő trend megtartása érdekében. A jelenleg folyamatban lévő felújítások hatására, reményeink szerint, tovább javulnak ezek az értékek, hiszen a dél-balatoni és a Kaposvár–Fonyód vasútvonalakhoz számos sebességkorlátozás alá vont szakasz tartozott.