A Tiszavidéki Vasúttársaság a pest–miskolci összeköttetés építéséhez fűződő érdekeltségét bizonyítandó, októberben az Egri Kaszinóban tartott sokat ígérő tanácskozást, ahol olyan tervet tárgyaltak, amely szerint a vasút közvetlenül Egeren keresztül vezetett volna Miskolc felé. Azonban a társaság a vasút érdekében ennél tovább nem ment.
A Pest-losonci Társulat 1863. október 5-én előbb Hatvan térségében, majd nem sokkal később Pesten a vasúti földmunkákhoz hozzákezdett, s hamarosan megállapodott a cs. Pénzügyminisztériummal, a rohonci és zólyombrézói kincstári vasgyárakból olcsón szállítandó sínekről és vasanyagokról. Időközben a birodalmi tanács a kért egymillió Ft-os elsőbbségi kölcsönt elutasította, az építkezés folytatására, mint ínségi munkára, az országos pénztárból 400 000 Ft-ot engedélyezett.
Az 1864. június 11-én tartott közgyűlésen, a bizottmány beszámolója szerint, a földmunkák 11,4 mérföld (1 magyar mérföld = 8,3536 km) hosszban elkészültek, 5,1 mérföld hosszban pedig építés alatt álltak. A földmunkák befejezését augusztus végére ígérték. A hidak, átereszek részben épültek, részben az anyagok beszállítása folyt, beleértve az áthidaló szerkezetekhez szükséges faanyagot. Különböző állomásokon 29 200 darab talpfát (sleepert) vettek át, s továbbiak beszállítása is folyamatban volt, ahogy a vasanyagok szállítása és átvétele is. A felépítmény fektetésszakaszonkénti megkezdésének akadálya nem volt.
Az eredeti tervekkel szemben, a Tisza­vi­déki Vasúttal történt megegyezés alapján, a Gödöllői-dombságon átvezetendő pálya vonala a Rákos völgyén keresztül lényegesen kedvezőbb, s persze olcsóbb lett. Emellett még jelentős megtakarítások elérését látták biztosítottnak – mint az építmények egyszerűbb kivitele, a vasút mentén több évre elegendő kőszén megléte miatt a Salgótarján és Kazár között tervezett körvasút elhagyása, a pesti indóház és a Duna között egyelőre elmaradó vonal építése –, összesen az eredetileg tervezett építési tőke egyharmadát. A megkívánt építési tőkét így 12 millió Ft-ban állapították meg, amelyből 6 millió Ft részvényekben, 5,4 millió Ft elsőbbségi kötvények kibocsátásával volt fedezendő.
A társaság alapszabályzatában már korábban szereplő 4,5 millió Ft elsőbbségi kötvényre megállapított állambiztosíték, annak politikai feltételein megakadt, s leszámítva az ínségi munkákra előlegezett 400 000 Ft-ot, csak saját erejére támaszkodhatott. Ezért a vállalat a további támogatást a magántőkénél kereste. Megegyezett a Schuller J. G. és Társa bécsi bankházzal, amely az elsőbbségi kötvények értékesítését átvette, továbbá 12 évre 6 millió Ft kölcsön megadását ajánlotta meg, s a munkák folytatásához 150 000 Ft-ot előlegezett is. A kölcsön magas, 6%-os kamatára az igazgatóság észszerű okot nem adott.
A megállapodás mentén a részvénytársaság szervezeti formája is megváltozott, az igazgatósági rendszer helyett a testületi igazgatósági választmány – Verwaltungsrath – rendszerét vezették be, bécsi és pesti székhellyel. A bécsi választmányba kerültek: báró Puthon Rudolf, Mayer Heinrich, Suttner Gusztáv, dr. Winiwarter, Brellich János és Zimmermann József, a pesti választmányba pedig Kohen Jakab, Korizmics László, Koppély L. M., Havas József és gróf Forgách József. A Szent István Kőszénbánya Társulat megszűnt és beolvadt a vasúttársaságba [20].
A társulatot, amely továbbra is a kőszéntelepek mérhetetlen áldását – „a tüzelőanyag elszállítása vidékekre, melyeknek gazdasági viszonyai is jelentékenyen fognak javulni, ha az eddig annyira nélkülözött egyik fő gazdasági tényező bőséges birtokába fognak jutni” – hirdette, éles bírálatok érték, „mivel eredeti programjában hazai vasutat akart létesíteni, s most mégis tetemes idegen befolyást enged” [21].
Az igazgatótanács július 18-án megalakult, de még előzőleg a társaság a terjeszkedése érdekében javasolt vonalakra, azaz a Besztercebányától Zsolnán át Oderbergbe, valamint a Tiszavidéki Vasúttal való összeköttetés érdekében Fülektől Miskolcig és Hatvantól Szolnokig, az előmunkálati engedélyt megkapta.
A cs. kir. Kereskedelmi Minisztérium 1864 augusztusában tette közzé az osztrák birodalom új vasúthálózati tervezetét. Az összbirodalmi érdekek szempontjából fontos és szükséges vonalakat Magyarországot érintően főleg a Délvidéken, a Dél-Dunántúlon, a Dél-Alföldön, továbbá Erdélyben, valamint Kassa és Oderberg között vették fel, az érintett területeket nyugat felé összeköttetésbe hozva. Az összes vonal egyidejű kiépítése esetén az építési költségek jelentős emelkedésével és munkaerőhiánnyal számoltak, ezért a vonalakat prioritás szerint 10-15 évre felosztották. Az első osztályba tartozó vonalak közé sorolták azokat, amelyeknél az engedélyt nyerő társaság késedelem nélkül megkezdheti az előmunkálatokat, s az állam téríti a költségeit, anyagilag támogatja a két-három éven belüli építkezés megkezdését, ugyanakkor addig más vonalak kamatbiztosításban vagy más támogatásban nem részesülnek. A listán szerepelt ugyan a pest–miskolci vonal, de ebbe a kategóriába nem került. Az emlékirat szerint a vasút megvalósításának eddig csak az engedélyes Tiszai Vasút kedvezőtlen pénzviszonyai és az önmaga ellen építendő versenypálya várható forgalmának alacsony volta szabott gátat, ám a kassa–tarnowi pálya építésének megkezdésével és a pest–losonci pálya átadásával nem célszerű a pest–miskolci egyenes összeköttetés megvalósításának további halasztása. A vonal megépítése így is csak az 1875 utáni évekre volt reálisan körvonalazható [22].
November végén a Pest-losonci Vasút részvényei a bécsi tőzsdére is felkerültek. A 200 Ft névértékű részvények mintegy 80 Ft-on álltak, ami meglehetősen kedvezőtlen volt, olyan papírról lévén szó, amely az építés alatt is 5% kamatot hozott. Viszont a pénzpiaci kereskedésre nézve az árfolyamot mégis kedvezőnek ítélték, a vasút várható tavaszi átadásával a társulati kőszéntelepek jövedelmezőségének jelentős emelkedését, az egyéb teher- és a személyforgalommal együtt pedig az 5% jövedelem minden különösebb nehézségek nélküli biztosítását prognosztizálták.
Közben Gyöngyös képviselő-testülete a társasághoz fordult azon igényével, hogy a város egy Hatvantól építendő szárnyvonallal kapjon vasúti összeköttetést. Az egyezkedés eredményeképpen a vasúttársulat előmunkálati engedélyért folyamodott, amelynek megadását Gyöngyös is legfőbb helyen kérelmezte. Az engedélyt november 30-án meg is adták. A munkálatokra a város 4000 Ft-ot ajánlott meg aláírás útján, amely annak idején részvényekben vagy készpénzben lesz megtérítendő. A szárnyvonallal kapcsolatban a sajtó kifejezte reményét, hogy annak folytatásaként Egeren át Miskolcig a vasút létesítése nem fog sokáig váratni és azt a Pest-losonci Vasúttársulat fogja megépíteni, bár a gyöngyösi vonal egyáltalán nem volt véglegesnek tekinthető. A társaság a várostól a szükséges fa- és kőanyagon kívül további 700 000 Ft támogatást kívánt [23].
A Pest-miskolci Vasúttársulat választmánya 1865. február 19-én ülésezett, mindenekelőtt az előmunkálatok költségeiről szóló számadást elfogadva. A választmány megállapította, hogy a vasút ügye jelenleg olyan akadályokba ütközik, amely minden erőfeszítés dacára sem vihető előre, ám munkáját úgy végzi, hogy a remélhetően mihamarabb elháruló akadályok után a vonal kiépítése azonnal megkezdhető legyen. Ezért egyeztetést kezdeményez a Losonci Vasúttal, a pest–hatvani vonal átvételének lehetőségeiről [24].
A Pest-losonci Vasúttársaságot 1865 tavaszán már erős bírálatok érték működése és ügyvitele terén. Először is a vasúti részvények tartósan alacsony árfolyama miatt, mivel kibocsátásukkor rögtön értékük felére, sőt az alá estek. A kőszénbánya egy 100 Ft névértékű részvényét 2 1/5 vasúti részvényre váltották be. A vasúti részvény egyenlő lett a bányarészvény árfolyam szerinti értékével, amely akkor 200 Ft körül állt, de lenyomta a részvények értékét az is, hogy tulajdonosaik azokat tőzsdére vitték. A fedezetül szolgáló kőszénbánya vételárának (a felbecsültetett érték tizede) megfelelő, részvényekben elhelyezett 1,5 millió Ft likvid tőke értéke is felére süllyedt. Másodszor, növelte a bizalmatlanságot, hogy az építési költséget 1/3-ával, 12 millió Ft-ra szállították le, amelyből további megtakarításokat ígértek – a részvénytőke „többféle, különösen kedvező működések által már fedezve van”, az aláírás útján beszerzett 4 millió Ft elégséges, az építési tőkéhez szükséges további 2,6 millió Ft az elsőbbségi kötvényekből fedezhető. Mindez megkérdőjelezte a vasútépítés kidolgozott terveinek, költségvetésének a szilárdságát, komolyságát. Harmadszor a már kibocsátott 23 528 darab, 4 705 000 Ft összértékű részvényből 705 ezer Ft-ról (az aláírással fedezett 4 millió Ft-on túl) a társaság nem adott információt. Végül negyedszer, szabálytalan volt a részvénytársaság megalakítása az alapszabályok uralkodó általi jóváhagyása előtt, de a társulatnak legfőképpen nem volt joga ezen időpontnál korábban a részvényesektől aláírás fejében 10%, az első részletre 20% befizetést követelni, mint ahogy azt megtette. Aláírásokra a társaság mintegy 3,9 millió Ft-ot ideiglenes jegyekben bocsátott ki. Mindezek következményeként a társulat hitele leértékelődött, sok részvényes a megkezdett fizetéseit felfüggesztette, várva a helyzet jobbra fordulását [25].
A május 30-án tartott közgyűlésen báró Wobeser Oszkár technikai igazgató üzleti jelentésében közölte, hogy bár az addigi összes kiadás meghaladta az 5 millió Ft-ot, a részvénytőkéből a Stametz-féle bankház 4 millió forint értékben bocsátott ki, a Schuller-féle bankház pedig az elsőbbségi kötvényeket 85%-os árfolyam mellett értékesítette. Úgy tűnt, hogy a vállalat pénzügyi helyzete nem adhat okot aggodalomra. A bejelentést követően a vasúti részvények rövid időre 127 Ft-ig emelkedtek, azonban a Schuller-bankháznak és társtulajdonosának, báró Puthon Rudolfnak a vasúttársaság részvényeinek emelésére irányzott manipulációi balul ütöttek ki. Az elsőbbségi kötvények forgalomba hozatalát valójában hosszabb ideje halasztották, miközben a társaságot azzal biztatták, hogy az eladás létrejön. Ez nem következett be és a lejárt szelvényekre Bécsben már nem fizettek, így a részvények értéke esni kezdett. A bank a vasút elsőbbségi kötvényeiért addig mintegy 2,2 millió Ft előleget adott, s a banki fizetésképtelenség beálltakor a visszatartott kötvényeket már nem lehetett eladni. A vasúttársulatnak viszont nem volt likvid tőkéje, a folyamatban lévő építés költségeit, a lejárt részvényszelvényeket nem tudta kifizetni, a hitelezők pedig kezdték követelni a pénzüket. A vasúttársaság, más választása nem lévén, július 11-én csődöt jelentett [26].
A csőd bejelentésekor a vasút építése már jelentősen előrehaladt. A Salgótarján alatti fél mérföld kivételével – ahol a földmunkák és műtárgyak építése még folyamatban volt – a földmunkákkal min­de­nütt végeztek, hidakból és átereszekből 315 darab elkészült, 5,6 mérföld hosszon a vágányt is lefektették, s a felépítmény építése a többi szakasz nagy részén megkezdhető lett volna. A 14 állomáson az épületek döntő többsége állt, csak Pásztó, Isaszeg és Tarján vízállomási épületei hiányoztak. 69 őrházból 52 már lakható, 9 fedél, 7 falazás alatt volt, egyhez nem kezdtek hozzá. Pesten használhatók voltak a fűtőházi berendezések a tisztítócsatornákkal együtt, hat mozdony és harminckét kocsi pedig beszerzésre került. A csőd miatt kiküldött könyvvizsgáló bizottság jelentése szerint a vállalat mérlege 6 949 045 Ft 54 krajcár aktíva, amellyel szemben 3 352 080 Ft passzíva állt. Ezenkívül elzálogosított részvény és kötvény 2 865 722 Ft 51 krajcár, hitelezők felé tartozás 3 622 626 Ft 10 krajcár volt [27].