A vonal forgalma folyamatosan nőtt. 1897-ben már napi nyolc vonatpár közlekedett. A teherszállítás megtízszereződött és megközelítette az évi 1 millió tonnát. Tuzsér forgalma 30 ezer fő és 5000 t áru volt.
Az 1904. évi XIV. tc. elrendelte a Nyíregyháza–Csap-vonal teljesítőképességének fokozásának érdekében a Csap–Ungvár-szakasz II. rendű fővonallá történő átépítését. Ehhez kapcsolódik az uzsoki határátmenet megnyitása, valamint a Nagykároly–Mátészalka–Csap közötti vonal megnyitása 1905-ben. Ezzel jelentősen felértékelődött a Nyíregyháza–Csap közötti vasút, hiszen az Alföldről közvetlen kapcsolatot biztosított Galíciával, valamint Záhony csatlakozó állomássá vált.
A folyamatosan növekvő forgalom miatt még az I. világháború előtt is további állomásbővítésekre volt szükség: Nyíregyháza, Kisvárda, Csap, Ungvár. Ezt a fejlődést törte meg a világháború, majd annak lezárása, a trianoni békediktátum, így Záhonyból határállomás lett.

Megemlítendő, hogy a MÉKV fővonalainak jelentős hányada az országon kívülre került, sőt döntően befolyásolták az új határok megrajzolását.
A vonal megmaradt része – Nyíregyháza–Záhony – egy időre elveszítette jelentőségét, a forgalom a töredékére esett vissza. 1930-ban Nyíregyháza–Záhony között négy vonatpár közlekedett, emellett két motorvonat Nyíregyháza és Kisvárda között.
Mielőtt a fővonal történetében továbblépnénk, megtartva a dolgozat vezérfonalát, érdemes egy kis kitérőt tennünk. 1915-ben a Rétközi Kendergyár és Kemecse MÁV-állomás között lórévasút épült (15. ábra). (Rétközi Kendergyár – ma Nagyhalász Kendergyár néven ismert. A Nyíregyháza vidéki kisvasutak dombrádi vonala mellett található Nagyhalász Kendergyár néven megálló-rakodóhely működött, amíg megvolt az iparvágány-kiágazás.)
Lórévasút – a magyar szakzsargonban lóvontatású kisvasút. A lóré valószínűleg áthallásos magyarítás, mert a pőrekocsi jelentése angolul lorry. Ebből és a vontatási nemből alakulhatott ki az elnevezés.
A gyár tulajdonosa herceg Odescalchi Zoárd és felesége, Lónyay Pálma volt (Lónyay Pálma gróf Lónyay Menyhért unokája), a kisvasúté felerészben ők és fele­részben a K. u. K. Hadügyminisztérium (Kaiserliche und königliche: császári és királyi, azaz birodalmi). A vasútépítés oka az volt, hogy a hadsereg nagy mennyiségben rendelt a gyárból kenderzsákot, amit így volt a legkönnyebb eljuttatni a nagyvasútra. Természetesen az uradalom terményeit is így juttatták el az ország távolabbi részeibe. A kisvasutat a háború után fejlesztették, mert 1925-től motoros vontatásra is engedélyt kapott. Valamikor az 1930-as években bontották el.
Az 1936. nyári menetrendtől közlekedett gyors sínbusz Budapest Keleti pályaudvarról Nyíregyházáig, majd 1939 nyarától Ungvárra. A 270 km-es távot 3 óra 21 perc alatt, azaz 81 km/h-s átlagsebességgel tette meg. Az Ungvárig tartó 366 km-t pedig 4 óra 52 perc alatt (16. ábra).

Amint Kárpátalja Magyarország része lett, 1939 nyara után beindult a hadi forgalom, majd ismét Nyíregyháza és Ungvár között közlekedtek a személyvonatok. Csap mentesítése érdekében 1941–1943 között Záhony háromvágányosból hatvágányos állomás lett. Sőt megkezdték egy új állomásépület építését is.
A frontvonal 1944. október 31-én hagyta el Záhonyt, de Ungváron csak decemberben lett vége a háborús eseményeknek.
1944. december 20-a és 1945. január 21-e között épült egy ideiglenes Tisza-híd, de azt a februári jégzajlás megrongálta. A vágányok helyreállítására 1945 első felében került sor, de a forgalom beindítását jelentősen hátráltatta, hogy nem volt kitérő. Az akkor már a Szovjetunióhoz tartozó Csap állomásról segítették ki a záhonyi kollégákat.
A harci cselekmények jelentős pusztítást végeztek úgy a vasútban, mint a kiszolgáló létesítményekben. Ennek eredménye, hogy mára csak Kisvárda állomás épülete az egyetlen, amelyik a MÉKV-re emlékezteti az érdeklődőket.
A Párizs környéki béketárgyalások során visszaállították a trianoni határokat, így Záhony megint határállomás lett. A különbség annyi a korábbi helyzethez képest, hogy ekkor Csapon már volt széles nyomtávú hálózat is. Az államközi egyezményekben úgy határoztak, hogy Záhonyban is épüljön széles vágány és átrakó pályaudvar.
Először csak ideiglenesen a Tisza-hídon épült meg, aztán a záhonyi személypályaudvar mellé egy nyolcvágányos átrakó pályaudvar épült. A folyamatosan növekvő teherforgalom (jóvátételi szállítások és mezőgazdasági termékek oda, nyersanyagok ide) miatt további fejlesztésekre volt szükség.
Ahogy nőttek az igények, úgy terjeszkedett a széles nyomtávú hálózat, valamint a hozzákapcsolódó normálvágányok is. Ennek eredménye volt a Nyíregyháza–Záhony közötti vágány átépítése 48 rendszerűre 1948–1951 között. Az ’50-es évek fejlesztései csak felsorolás szintjén:

• A széles „gerincvágány” kiépült Komoróig (14,93 vkm).
• Záhonyban átrakó pályaudvar, darus vágánnyal, ágyúrakodóval.
• Záhony személypályaudvar mellett szén- és kokszcsúszda.
• Széles és normálvágányú rendező pályaudvar, hat, illetve nyolc vágánnyal.
• Megépül a tengelyátszerelő az átrakó és a rendező pályaudvar között.
• Tuzséron széles faátrakó telep (ERDÉRT) épült, amely Komoró felől érhető el normálvágányon.
• Komoróban olajlefejtő telepet építettek.
• Az állomásokon a széles gerincre négy-hat vágányos széles állomások épültek.
• Megépül Fényeslitke Déli rendező pályaudvar a magas fogadóval.
• A ’60-as években a fejlesztés II. és III. ütemében a következő építkezések és bővítések történtek meg:
• – Befejeződött a Tuzsér és Komoró felől is megközelíthető ERDÉRT-telep építése.
• – Az Ágerdőmajor országhatár–Mátészalka–Záhony-vonal akadályozta a további fejlesztéseket, ezért nyomvonal-korrekcióra volt szükség, így azóta a „szalkai vonat” észak felől ér be Záhonyba.
• Záhony vegyianyag-lefejtő, kiágazása az új szalkai vonalból.
• Záhonyban új felvételi épületet adtak át.
• Eperjeske–Bátyú között új határátmenet épült új Tisza-híddal (1964).
• Nyíregyháza–Nyírbogdány között átadták a 2. vágányt (1967).
• Elkészült a Nyíregyháza–Záhony-vonalszakasz villamosítása (1967).
• Nyírbogdány–Fényeslitke között átadták a 2. vágányt (1968).
• Létrehozták az önálló záhonyi pályafenntartási főnökséget (1968).

A ’70-es években megépült Eperjeske átrakó pályaudvar és Fényeslitkén a kocsijavító műhely. Felépült az üzemirányító központ (helyi szóval a Fehér Ház). Ebből lett a záhonyi KÜF, a későbbi üzemigazgatóság.
Az 1980-as évek közepéig folyt a fejlesztés, ennek eredményeként Fényeslitkén üzembe állt az Északi rendezőpályaudvar, Fényeslitke és Tuzsér között átadták a 2. vágányt és bővítették Eperjeske rendező pályaudvart. Még ebben az időszakban megépült Eperjeske átrakón a fedett rakodó és a konténerdaru, valamint új, nagyobb épületbe és területre költözhetett a tengelyátszerelő.
Az évtized első felében Nyíregyháza–Záhony között mind a két vágány 54 rendszerű, hézag nélkülire épült át, megengedett sebesség 120 km/h, a tengelyterhelés 210 kN.

Az évtized végétől jelentősen csökkent a teherszállítás, a következő évtized közepére az ötödére esett vissza. A pályaudvarokon előbb a vágányok kizárása jelezte a forgalom visszaesését, majd Fényeslitke Északi rendező pályaudvar (a legfiatalabb volt!) visszabontása mutatta meg, hogy milyen mértékű a csökkenés.
A záhonyi állomásépület felújítása sem akadályozta meg a szervezeti változásokat, hiszen a 2000-es évek közepén megszűnt Záhony önállósága és minden szakmai szervezet betagozódott a debreceni igazgatóságba.
2009 és 2012 között a legfontosabb széles vágányok és kitérők 60 rendszerűre épültek át Záhony-körzetben. Megújult 38,6 vkm vágány és 5,2 vkm fonódott vágány (egy keresztaljon négy sínszál van). Összesen 62 csoport kitérőt cseréltek ki és 170 kitérőre került villamos váltófűtés. Átépült 19 útátjáró, ami a valóságban sokkal többet jelent, mert ezek rendre többvágányos átjárók.
Vágányhálózat jelenleg: normálvágány 226 vkm és 482 csoport kitérő (benne nyílt vonal és átmenő fővágány 22,439 vkm), széles vágány 161 vkm és 351 csoport kitérő (benne nyílt vonal és átmenő fővágány 36,500 vkm).
Záhony-körzet történetéről részletesen olvashatnak a Sínek Világa 2018/3. számában.
Megemlítendő, hogy 2017–2019 között átépült Kisvárda állomás (17. ábra). A II. vágány helyén épült széles emelt peron, amely középen szintben, míg a páratlan végén aluljárón keresztül közelíthető meg. Az I. vágányt a peron érdekében az állomásépület felé el kellett húzni. Az aluljáró megépítésével régi adósságát törlesztette a „vasút”, hiszen így újra összekapcsolódott a Bocskai és a Temesvári utca, amelyek között évtizedekkel ezelőtt megszűnt a közvetlen kapcsolat.