A kisvasút fővonalán két alagút is van, közvetlenül Lillafüred állomás előtt és után (22–23. ábra). Az egyik 112,90 m, a másik 120 m hosszú. A mészkőbe vájt alagutak magassága és szélessége egyaránt 4-4 m.

Az alagutak végein 15-15 m hosszú, boltozatként kialakított vasbeton kapuzati szakasz készült. A boltozat elejét és végét a kapuzat kőből rakott homlokfala zárja le. A mészkőbe vájt, középső alagútszakasz önhordó, így azt mesterséges szerkezet, boltozat, lőttbeton kéreg nem erősíti. Klasszikus értelemben vett félreállóhelyeket (fülkéket) nem alakítottak ki az alagutakban.

A 2014-ben készített űrszelvénymérési jegyzőkönyvek szerint a mozdony űrszelvény mellett több helyen is rendelkezésre áll megfelelő méretű (min. 60 cm széles, 2,00 m magas), félreállásra alkalmas zug az alagutak kőfalazatában.
A mérési eredmények alapján elmondható, hogy a 760 mm-es keskeny nyomtávhoz tartozó dízelűrszelvény szinte az alagút teljes hosszában biztosított, azonban mindkét alagút esetén egy-egy helyen az alagútűrszelvény egyik sarka bele­metsz az űrszelvénybe, de annak mértéke olyan, hogy a pálya előírt szabályozásával (a mért túlemelés, azaz a fekszinthiba megszüntetésével) orvosolható.
A fővonalban a nagy hidakon kívül kis műtárgyak, átereszek is szép számban vannak. Ezek jellemzően csőátereszek és nyílt átereszek (24–27. ábra). A kirándulók ezeket a műtárgyakat meg sem látják, nehéz észrevenni őket, mivel a pályaszint alatt több méter, esetenként akár 10 m mélyen találhatók. További nehézséget jelent, hogy az átereszek környezete, a nyílások feletti és melletti töltésrézsű jellemzően növényzettel erősen benőtt. Némely átereszek esetén az átfolyási szelvény részben feltöltődött vagy teljesen eltömődött, emiatt a vízelvezető funkciójuk erősen korlátozott. Akad olyan beton csőáteresz, melynek alsó lemeze teljes hosszban kimosódott, hiányzik (26. ábra). E műtárgy állapota közvetlen balesetveszélyt nem je­lent, tekintettel arra, hogy a műtárgy feletti takarás jelentősen meghaladja az át­mérő négyszeresét, azonban az üzemeltetőnek a cserét ütemeznie kell.